1 講習会への参加

有機JAS制度の仕組みについて理解を深めます。また、有機JAS認証を申請する場合、各責任者と格付担当者（格付表示担当者）は講習会に参加していることが義務付けられています。

2 有機JASの基準を満たしているかどうか確認

有機JAS認証への申請の前に、登録認証機関へ申請の申し込みの前に、自分が有機JAS認証の条件を満たしているかどうか確認します。
例）－有機農産物の生産行程管理者の場合－
　(1)申請するほ場は1年以上自らの有機的管理（有機JASで禁止されている農薬や化学肥料を使用していない）が行われているか。有機的管理が1年以上で転換期間中有機農産物として認証が可能です。
　(2)(1)の記録が作業日誌等で作成されているか。
　(3)ほ場が周辺の田畑と明確に区分されているか。一定以上の距離が離れているか。
　(4)従業員が生産行程管理責任者、格付担当者の資格を満たしているかどうか。（生産行程管理者は1～3年の実務経験）

3 登録認証機関へ申し込み、申請書の作成・提出

登録認証機関へ有機JAS認証に必要な申請書を請求します。
生産行程管理者としての組織や体制をどうするか考え、生産行程管理責任者（担当者）や格付担当者（格付表示担当者）など担当になる者を決定し、生産方法や格付基準などを各規程で作成します。
作成した申請書に不備がある場合は、登録認証機関から是正措置等がある場合があります。

4 検査

申請が通過すると、次はいよいよ検査です。検査日について事前に打ち合わせの連絡が来ます。
検査では主に以下の項目を確認します。
　1）申請者・生産行程管理責任者・格付担当者への聞き取り確認
　2）ほ場や施設の実地確認
　3）作業日誌や出荷記録、購入伝票などの書類の確認
面積や従業員数によって検査時間は変わりますが、書類に不備があったり、申請内容と異なる点があると、検査時間が長引きますので、事前の準備が大切です。

5 判定委員会

検査した検査員の報告書に基づき、登録認証機関において判定委員会（認証の審査）が行われます。場合によっては書類の再提出や改善指摘事項に従うことが求められます。
判定に関する事項について異議がある場合は、申し立てることができます。

6 有機JASの格付けおよび出荷開始

登録認証機関から認証書が送られてきて、晴れて有機JAS認証取得となります。今後はご自身で格付けを実施し、有機JASマークを貼付して有機農産物の出荷が可能となります。

7 継続検査

「認証の継続」のためには、認証後は年１回の継続検査を受けます。